潛水電泵在運行中常會出現電流高、電流不穩及電泵震動等故障，故障原因可以判斷為：
（一）潛水電泵運行時劇烈振動主要與水泵葉輪和電動機轉子的平衡以及機械原因有關，其中主要有：
1、潛水電泵的轉子不平衡
處理方法是拆卸潛水電泵，重新對潛水電泵的轉子校動平衡。
2、潛水電泵的葉輪不平衡：處理方法是重新進行水泵葉輪的靜平衡。
3、潛水電泵的轉軸彎曲：轉軸彎曲是一種嚴重的故障情況，會使潛水電泵的氣隙不均勻，軸承受力惡化，甚至會使潛水電泵的定子與轉子相擦，使潛水電泵運行時產生劇烈振動，應立即進行檢修，校直彎曲的轉軸。
4、潛水電泵的軸承磨損：處理方法是更換損壞的滾動軸承或水潤滑軸承與軸套。
5、潛水電泵的連接法蘭和螺栓松動
處理方法是擰緊松動的螺栓，使法蘭連接牢固。
（二）潛水電泵運行中指示電流表指針擺動大的原因及處理方法
潛水電泵運行中指示電流表指針擺動大與下列原因有關：
1、動水位下降到水口以下，造成潛水電泵間隙出水
造成潛水電泵間隙出水的主要原因是潛水電泵的流量過大或下井深度不夠，處理方法是：
（1）關小潛水電泵出水管上的閥門、減少潛水電泵的流量，使井的動水位下降后，潛水電泵的進水口始終位于水面下。
（2）增減潛水電泵的下井深度至動水位下降時，使潛水電泵的進水口始終位于水面下。
2、潛水電泵的轉子斷條
潛水電泵的轉子斷條會造成潛水電泵不能正常工作，轉速下降、水泵的流量、揚程下降，電流表的指針擺動。處理方法是更換潛水電泵的轉子。