受各因素影響電動隔膜泵不可避免地會出現一些故障，比較常見的有：1.快循環/低流量、2.無循環、3.漏損、4.噪音、5.部件受損、6.慢循環、7.無規律循環、8.其它。
電動隔膜泵的故障排除：
電動隔膜泵沒有動作或運作很慢。
檢查空氣入口端的濾網或空氣過濾裝置是否有雜質。
檢查空氣閥是否卡住，用清潔液清洗空氣閥。
檢查空氣閥是否磨損，必要時更換新的零件。
檢查中心體的密封零件狀況，如果嚴重磨損，則無法達到密封效果，而且空氣會從空氣出口端排掉。由于其特別構造，請只使用GLYD圈。
檢查空氣閥中的活塞活動是否正常。
檢查潤滑油的種類。添加的潤滑油如果高于建議用油的粘度，則活塞可能卡住或運作不正常。建議使用輕薄及抗凍的潤滑油。