在運行上，軸流泵與離心泵在大體上是一致的，當然，充水、啟動、運行和停止就是包括在內的。
在充水上，一般情況下，對于中、小型軸流泵來說，其大多都是 安裝在高于水面的位置上的，泵殼和吸人喇叭口在泵啟動之前都必須要充滿水，而為了防止有空氣存在而導致泵內和吸人管無法形成真空，一般都會另設一臺到幾臺電動真空泵，確保在形成真空的同時還能達到充水的目的。
相對于中、小型軸流泵，大型立式軸流泵安裝的位置與其相反，一般都是安裝在低于水面的位置上，與之不同的還有其泵殼和吸人喇叭口不用在啟動泵之前就充滿水，而這主要是由于其泵殼、葉輪和吸入喇叭口都是浸沒在液體中所致，這也就形成了軸流泵的一大特點——無需設抽氣裝置就可以迅速啟動。
在啟動的操作順序和方法上，軸流泵與離心泵是基本相同的，但是兩者也存在這不同之處，比較鮮明的就是，在泵啟動時，軸流泵的出口閥門應該是開啟的，而離心泵出口閥門則是關閉的，這點大家要格外的注意一下；不僅在啟動的操作順序和方法上，軸流泵與離心泵比較相似，在停止操作上，兩者也是基本相同的。