潛水電泵按電動機防水方式可分為干式潛水電泵、充油式潛水電泵、濕式潛水電泵等三種。
1.干式潛水電泵。在電動機軸伸端采用機械密封或氣墊密封裝置，進行嚴密軸封，以阻止水浸入電動機內腔，保持機內干燥。但由于受密封結構的限制，浸入水下的深度不能太大。
除此之外，還有所謂半干式潛水電泵，即在電動機定子、轉子之間用屏蔽罩分開，把定子密封起來，使之和水隔離，而轉子在水中運行。由于屏蔽罩的存在，氣隙增大，降低了電動機的電氣性能，目前已很少采用。
2.充油式潛水電泵。在電動機內腔充滿絕緣油，以阻止水和潮氣浸害電動機繞組，并起絕緣、冷卻、潤滑作用。電動機的絕緣油可以是有壓的，也可以是無壓的。為了防止油的外泄和水的浸入，軸伸端仍需采用密封裝置。當密封失效后，會使水源污染，故不適合提取生活用水。此外，電動機轉子在油中旋轉，阻力較大，電動機效率較低。
3.濕式潛水電泵。電動機定子繞組采用防水絕緣導線。電動機內充滿純凈的水，轉子浸在水中運轉，散熱性能較好。軸伸端密封主要用于防沙，密封的要求沒有前兩種潛水電泵高。所以結構簡單，便于制造維修。但這種泵對材質的要求較高，對部件的防銹蝕問題要求較嚴。